Zástupcov črevnej mikroflóry je možné rozdeliť na mikroorganizmy s negatívnym vplyvom, ktoré môžu spôsobiť napr. hnačku, zápchu, rôzne infekcie alebo hnilobný rozklad v čreve.

Ďalšiu skupinu tvoria mikroorganizmy s jednoznačne pozitívnym pôsobením na ľudský organizmus. Tie dokážu blokovať pôsobenie škodlivých mikroorganizmov, a to zastaviť rast škodlivých baktérií, podporovať imunitný systém, znižovať hladinu cholesterolu v ľudskom organizme a podporovať tvorbu vitamínov.

Telu prospešné (probiotické) baktérie pôsobia v nasledujúcich 4 základných funkciách:

  • Protimikrobiálne pôsobenie v tráviacom trakte svojím rastom a spotrebou živín, ktoré vytlačia nepriateľské mikroorganizmy.
  • Podpora a posilnenie bariérovej funkcie črevnej sliznice.
  • Pozitívny vplyv na obranyschopnosť ľudského tela (imunitný systém).
  • Účinky na látkovú výmenu (metabolizmus) vplyvom rôznych látok, mediátorov a vitamínov potrebných pre činnosť ľudského tela.

Ďalej sú v čreve mikroorganizmy, ktoré môžu mať tak pozitívny, ako aj negatívny vplyv. Zloženie črevnej mikroflóry sa mení počas života človeka, záleží na spôsobe pôrodu, veku človeka, zložení konzumovanej stravy, prekonaných ochoreniach a tiež na množstve a druhu užívaných liekov.

Počas života môže dôjsť k poruche rovnováhy mikroorganizmov v dôsledku vrodených alebo získaných zmien, čo môže spôsobiť napr. chorobné zmeny čreva.